L'archipel est situé environ au centre du golfe du Saint-Laurent, trônant sur les hauts fonds entre la péninsule gaspésienne et l'île du Cap-Breton (Nouvelle-Écosse) et à mi-chemin entre l'Île-du-Prince-Édouard et Terre-Neuve. Le territoire, anciennement très boisé, est maintenant l'objet de reboisement continu et est recouvert de forêts à près de 25 %. Il est aussi très dunaire, offrant près de 300 km de plages.